Auditiaruanded jagunevad laias laastus kolmeks:

• Finantsauditid. Finantsauditi käigus hindab Riigikontroll, kas finantsaruanded kajastavad asutuste majanduslikku olukorda õigesti ja usaldusväärselt. Lihtsustatult öeldes vaatavad Riigikontrolli audiitorid, kas raamatupidamine on korrektne ja kas raha väärtarvituse võimalused on kõrvaldatud. Finantsauditi käigus hinnatakse ka tehingute seaduslikkust.
   
• Tulemusauditid. Tulemusauditi puhul uurib Riigikontroll, kas avaliku sektori rahakasutus on säästlik, tõhus ja mõjus. Tulemusauditit võib ka defineerida kui protsessi, mille käigus uuritakse, kas auditeeritavad asutused tegelevad õige asjaga ning kas nad teevad seda õigesti ja kõige väiksemate kulutustega. Tulemusauditis hinnatakse avaliku sektori tegevust strateegilise tasandi probleemide lahendamisel, analüüsitakse süvitsi probleemide põhjusi ning pakutakse ideid nende ületamiseks. Samuti on tulemusauditite eesmärk tuvastada parimat halduspraktikat ja aidata kaasa selle levimisele.
   
• Vastavusauditid. Vastavusauditi ehk reeglipärasuse auditi käigus hinnatakse seda, kas õigusaktide nõuetest on kinni peetud. See on tüüpiline tööliik kohalike omavalitsuste auditeerimisel, kus Riigikontrollil pole õigust tulemuslikkust hinnata.

Lisaks auditiaruannetele kasutab Riigikontroll ka muid võimalusi, koostades peamiselt ülevaateid ja märgukirju, mille ulatus on üldjuhul väiksem ning kus ei pruugita anda tavapärase auditiga võrreldavaid hinnanguid.